克孜尔石窟洞窟形制有中心柱窟、大像窟、方形窟、僧房窟、龛窟、异形窟和多种洞窟组合形式,若干洞窟的组合即代表一座独立的寺庙。

公元3世纪开始建造的“龟兹式”中心柱窟的是克孜尔石窟形制方面的最大特色和创新，该类型的石窟源于印度以塔为中心的“支提窟”，但在保留其基本结构和功能的基础上，结合克孜尔当地砂岩的结构特点和中亚、西域游牧民族的丧葬、生活特点，形成了印度所没有的中心柱窟，这种形制显著影响了敦煌石窟、龙门石窟，以及云冈石窟的早中期洞窟的建造。